萎缩性鼻炎有明显的家族倾向，也可能与同一家人，生活条件和环境有关系，是否真的属于遗传病，还缺乏证据。
缺乏营养
营养不良，特别是维生素缺乏，比如缺乏维生素A、维生素B2、维生素D、维生素E与萎缩性鼻炎有密切关系。
内分泌紊乱
因为本病常发生于女性青春期，并在月经期症状加重，所以很多学者猜测，萎缩性鼻炎与性激素分泌紊乱有关。
免疫缺陷
近年来研究发现，萎缩性鼻炎患者多有免疫功能紊乱的情况，所以也有学者猜测这是一种自身免疫病。
肥厚性鼻炎
萎缩性鼻炎是肥厚型鼻炎的晚期表现，由于纤维组织过分增生，粘膜血管和淋巴血管受压，粘膜血液循环受阻，腺体功能受累导致萎缩。
慢性鼻窦炎
因为鼻涕经常刺激鼻腔粘膜，促使纤维组织增生，妨碍粘膜营养，因而发生萎缩性变化。
职业因素
工作于高温环境或者空气中含有高浓度灰尘，或者化学刺激气体者，呼吸道粘膜易受损伤，长期以往容易引起萎缩性鼻炎。
鼻腔特异性感染
萎缩性鼻炎长发生于慢性特异性感染中，比如结核、麻风病等。