藻井下分五级。坛台的最上层供奉明代的卢舍那佛木雕坐像，其所坐莲花台座有一千叶莲花瓣，每片莲叶上各刻一尊6厘米大小的佛像，十分精妙。卢舍那四周各层侍立着金刚钩、金刚索、金刚铃、金刚锁四菩萨，还有释迦牟尼、阿弥陀佛、寒山、拾得、千手观音的及韦驮天将等24尊菩萨神像。其中尤以金刚塑像为最佳。它们怒目结发，赤足袒胸，显得无比威严。环绕坛座的束腰处还有护三皈、护五戒的各种神王牌个。戒坛是佛教徒受戒的地方，这种神秘肃穆的氛围，正可使人敬畏不迭，诸念俱灭，一心皈依。据说这种戒坛在全国已寥若晨星了。常言道物以稀为贵，大家也算有眼福了。
戒坛之后，就是有百宝楼”之称的藏经阁。这里原来是法堂，是元代至元二十二年(公元1285年)，僧录刘鉴义建造的。元、明时期已经过多次重修，至十四年(公元1925年)圆瑛和尚改建为水泥仿木结构的二层楼阁。楼下现为寺僧念经礼佛处，上层收藏各种版本经书3700多卷。五代时的开闽王王审知身居王位，独霸闽疆，纯属机缘偶然，因此他当了闽王后，就与佛结缘，起大信心，立大誓愿，皈心受持，以求心理平衡。他先后舍钱百万緡造大殿等建筑，并搜集一万两黄金白银，研细为泥，请开元寺义英法师写了两部金银《大藏经》，现二楼还保存有残页。另外还有元朝如照法师刺血写成的《法华经》以及泰米尔文的贝叶经。它们是我国珍贵的佛学典籍。除此之外，藏经阁还保存有从盛唐至的历代文物。其中各代玉、铜、瓷、木质的大小佛像、菩萨、罗汉、天王、神将等32尊。明代大书法家张瑞图及现代高僧弘一法师等名家的字迹和木板楹联也珍藏在这里。一楼大厅里还收藏有12口南宋以来的方钟，其中特别有价值的是清道光十七年(公元1837年)，鹿港郊公置”的铁钟，钟上铸有与泉州通商的鹿港郊46家商号的铭文，是研究台泉州经济史的很有价值的资料。
在中轴线的两边，还有一些建筑群：东有由迦蓝祠改建的檀樾祠，纪念施主黄守恭。黄氏四安(南安、惠安、同安、安溪)后裔及海外紫云家族无不以此为荣。有俗称小开元寺”的准提禅林，原供奉天台宗的准提菩萨;西有尊胜院，现已开辟一部分为弘一法师纪念馆，有水陆禅寺，以供寺僧栖息。