网上申请专利的流程如下：1、首先办理用户注册手续，获得用户代码和密码；2、登录电子申请网站，下载并安装数字证书和客户端软件；3、进行客户端和升级程序的网络配置；4、制作和编辑电子申请文件；5、使用数字证书签名电子申请文件；6、提交电子申请文件；7、接收电子回执；8、提交申请后，可随时登录电子申请网站查询电子申请相关信息；9、通过电子申请系统接收通知书，针对所提交的电子申请提交中间文件。