不要haploview在线生成的那种，这个我也会。 谁能发个从excel-----text----ped 到 input 的图呢？ 回复
我做过一些病例对照研究，下面的截图是基本的输入格式，你可以参照一下：
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我做过一些病例对照研究，下面的截图是基本的输入格式，你可以参照一下：从excel转换成text文本
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缺失的基因型怎么表示，没缺失的怎么表示
Haploview需要导入数据的格式（linkage格式）
Haploview的第一个主界面的linkage格式需要输入两个文件，点击左侧的Linkage Fofmat就会看到有两个导入文件的地方，一个是Data
File，另一个是Locus Information File。下面详细的介绍一下这两个数据的格式，我们以Haploview自带的数据文件为例。在haploview安装的目录下（一般为C:\\Program Files\\HaploView）有两个数据文件：（1）sample.ped (2)sample.info。 具体就是Data File处导入
sample.ped文件，Locus Information File处导入sample.info数据。当然两个文件的扩展名你可以自己随意的起，Haploview有一个默认关联，即：如果你的两文件主要名称一样（比如chrom），扩展名分别为ped (chrom.ped)和info (chrom.info)，则只要导入ped文件，haploview会自动导入info文件。
下面以sample.ped和sample.info为例介绍一下Data File和Locus Information File需要输入文件格式。
一、Data File 需输入文件格式
Data File处应当导入的文件格式同sample.ped显示的一样，下面列出sample.ped文件
sample.ped文件部分内容：
IBD054 430 0 0 1 0 1 3 3 1 4 1
IBD054 412 430 431 2 2 1 3 1 3 4 1 IBD054 431 0 0 2 0 3 3 3 3 1 1 IBD058 438 0 0 1 0 3 3 3 3 1 1
IBD058 470 438 444 2 2 3 3 3 3 1 1 IBD058 444 0 0 2 0 3 3 3 3 1 1 IBD069 543 0 0 1 0 3 3 3 3 1 1
IBD069 516 543 513 1 2 3 3 3 3 1 1 IBD069 513 0 0 2 0 3 3 3 3 1 1 IBD076 573 0 0 1 0 0 0 3 1 4 1
IBD076 565 573 574 1 2 0 0 3 3 1 1 IBD076 574 0 0 2 0 0 0 3 3 1 1 IBD092 1011 0 0 1 0 3 3 3 3 1 1
IBD092 639 1011 1 1 2 3 3 3 3 1 1
在这个文件中，每一行代表一个样本个体，前六列是表头，从第七列开始每2列代表一个SNP位点(当然这个SNP位点叫什么，在那条染色体上，Haploview用另一个文件给出，比如sample.ped这个文件对应的SNP描述的信息在sample.info中)。有多少个位点后面就是位点数的2倍的列数。sample.ped文件的总列数为 总列数=6+2*位点数
下面具体解释一下每一列： 1、
第一列：代表的是家系的ID，如果你做的是家系的研究，那么你的数据家系的编号应该放到第一位。如果你分析的是无关个体，则第一列不能用同一个ID，建议用自然序号1,2,3….来替代。 2、
第二列表示个体的ID，就是你研究的所有个体的编号。在同一个家系内不可以重复，不同的家系间可以重复。如果做无关个体的研究则每个个体的编号不能重复。 3、
第三列和第四列代表同第二列个体之间的家系关系，第三列代表父亲的ID，第四列代表母亲的ID，如果个体的父亲、母亲中某一个没有测到样本的话，则标记为0，如果你做无关个体的研究，则第三列，第四列都赋值为0。
例：一个核心家系的数据，来自于sample.ped文件的前三行 IBD054 430 0 0 1 0 1 3 3 1 4 1
IBD054 412 430 431 2 2 1 3 1 3 4 1 IBD054 431 0 0 2 0 3 3 3 3 1 1
表示家系编号为IBD054，这个家系中有三个个体430,412,和431。第一个个体430的父亲的信息没有检测到，所以第一行第三列用0表示，他的母亲的信息也没测到，所以第一行第四列用0表示。第二个个体412的父亲为430，母亲为431，所以第二行第三列为430，第二行第四列为431。. 第三个个体431的父亲的信息没有检测到，所以第三行第三列用0表示，他的母亲的信息也没测到，所以第三行第四列用0表示。
4、
第五列表示对应第二列个体的性别信息。1代表男性，2代表女性。 5、
第六列表示第二列个体的患病状态。0表示疾病状态未知；1表示个体未患病，2代表个体患病。 6、
第七列以后，每两列代表一个SNP位点(由于是二倍体，所以同一个位置有两个值)，1代表碱基A；2代表碱基C；3代表碱基G；4代表碱基T。 缺失数据用0表示。当然你也不用这个编码，可以自己任意的定义（比如每个位点都是二态的，就可以用1,2分别代表该位点的2
个等位，但需要用额外的文件记录好你每个位点1代表什么，2代表什么）
实例详解：
IBD054 430 0 0 1 0 1 3 3 1 4 1
IBD054 412 430 431 2 2 1 3 1 3 4 1 IBD054 431 0 0 2 0 3 3 3 3 1 1
总的来说，以上面三行数据为例，第一行：表示，个体430是IBD054中的一个个体，父亲未知，母亲未知，是个男性，疾病状态未知，第一个SNP位点的两个等位为1,3 （也可以写为3,1）；第二个SNP位点的两个等位为3,1（也可以写为1,3）；第三个SNP位点的两个等位为4,1（也可以写为1,4）。第二行：表示，个体412是IBD054中的一个个体，父亲是439，母亲是431，是个女性，疾病状态为患病个体，第一个SNP位点的两个等位为1,3；第二个SNP位点的两个等位为1,3；第三个SNP位点的两个等位为4,1。.
这样，就得到了每个个体的详细的SNP等位的信息。但是我们仍然不知道每个SNP位点在染色体的什么位置，这就需要另外一个专门描述信息的文件sample.info，也就是Locus Information File需要输入文件格式。
二、Locus Information File需要输入文件格式
Locus Information File处应当导入的文件格式同sample.info显示的一样，下面列出sample.ped文件： IGR1118a_1 274044 IGR1119a_1 274541 IGR1143a_1 286593 IGR1144a_1 287261 IGR1169a_2 299755 IGR1218a_2 324341 IGR1219a_2 324379 IGR1286a_1 358048 TSC0101718 366811 IGR1373a_1 395079
这个文件包含两列，第一列为SNP的名字，第二列为SNP的物理位置（bp）。很多情况下我们使用的SNP的名字为dbSNP中的名字，是用rs#表示的。因此第一列很多情况下rs开头的名称。第二列一般都是从小到大的。这个文件的行数必须和sample.ped文件中的第七列以后的SNP数目相同，并且一一对应，千万不能错。 下面再展示一个以rs开头的文件。 rs13434344 274044 rs234524345 274541 rs24552352 286593 rs245435545 287261 rs534534534 299755 rs5345345345 324341 rs554555 324379
有了这两个文件，我们就可以知道每个个体的，家系情况，性别，患病情况，测量了那些SNP位点（SNP名和染色体上的物理位置）还有每个SNP位置的同源染色提上的2个等位的详细信息。可以利用这些基本的信息进行后续的分析。
第1步,制备基因型的文档,我用的是EXCEL,如图,从左至右依次为:pedigree/sample name,individual ID,Father's ID,Mother's ID,sex(M=1,F=2),Affection status (0=UNKNOWN, 1=UNAFFECTED,2=AFFECTED). 然后是每个SNP的基因型....
第2步:由于软件无法识别ATCG,需要将其转化一下,一般为:A=1,C=2,G=3,T=4.I=1,D=2,分别为insertion and deletion.
直接CTRL+H就行了.无基因型的以(0 0)表示,注意,两数字中间有一个空格. （4.2以上的版本可以识别ATCG滴，不需要分成2列吗）
第3步,制备样品LOCUS的位置文档. 也就是以第一个SNP为1,第2个SNP与第1个相差N个bp,N=两个SNP的position之差.制备成如下的表格.(postion可以用BLAST得到其物理地址) 此图A列为SNP_ID,B列为相对位置. (注意：只有2列，一个为SNP，一个为locus)
然后将制备好的表格另存为.txt.注意:两文档必须是一一对应的,也就是SNP的数目要一致. 然后分别上传.第一个文档至DATA FILE..
完成,你不光会得到图,还会得到其它信息. 你也可以根据一些设置调整图的算法或色彩. 以下是一些步骤图片： 第一步示意图 （不要表头的）
第二步示意图 （4.2版本滴就不需要转换了）
第三步示意图 （只有2列，这个SNP的locus可以用相对距离，也可以用绝对距离）
第四步示意图
第五步示意图
看到有朋友发了利用HAPMAP制备HAPLOVIEW分析.
我顺便发一下,如何利用试验获得的数据制备HAPLOVIEW,请大家讨论.
第1步,制备基因型的文档,我用的是EXCEL,如图,从左至右依次为:pedigree/sample name,individual
ID,Father's ID,Mother's ID,sex(M=1,F=2),Affection status (0=UNKNOWN, 1=UNAFFECTED,2=AFFECTED). 然后是每个SNP的基因型....
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draco603 edited on 2009-11-24 02:17 举报
draco603 2009-11-24 02:02 2楼 回复：【资源分享】图解用试验数据进消息 引用 分享 第2步:由于软件无法识别ATCG,需要将其转化一下,一般为:A=1,C=2,G=3,T=4. I=1,D=2,分别为insertion and deletion. 常驻站友 直接CTRL+H就行了.无基因型的以(0 0)表示,注意,两数字中间有一个空格. 3 积分 26 查看原图 投票 2 收藏 4 举报 得票 • 承德医学院真火了 45 粉丝 加关注 draco603 常驻站友 3 积分 26 得票 45 粉丝加关注 回复：【资源分享】图解用试验数据进2009-11-24 02:05 消息 引用 分享 3楼 第3步,制备样品LOCUS的位置文档. 也就是以第一个SNP为1,第2个SNP与第1个相差N个bp,N=两个SNP的position之差.制备成如下的表格.(postion可以用BLAST得到其物理地址) 此图A列为SNP_ID,B列为相对位置. 投票 1 收藏 2 draco603 edited on 2009-11-24 02:13 举报 draco603 回复：【资源分享】图解用试验数据进2009-11-24 02:08 4楼 消息 引用 分享 然后将制备好的表格另存为.txt.注意:两文档必须是一一对应的,也就是SNP的数目要常驻站友 一致. 然后分别上传.第一个文档至DATA FILE... 3 积分 26 得票 45 粉丝 加关注 查看原图 投票 + 收藏 2 举报 JXFSTPRP-24高通量多样品快速研磨仪/珠磨仪 draco603 常驻站友 3 积分 26 得票 45 粉丝加关注 回复：【资源分享】图解用试验数据进2009-11-24 02:10 消息 引用 分享 5楼 完成,你不光会得到图,还会得到其它信息. 你也可以根据一些设置调整图的算法或色彩.