公司发现多发工资给员工后，可以要求员工退还，员工也要主动将多发的工资退还，如果员工不退还的，就会造成不当得利，按法律的规定也需要退还。
没有合法根据，取得不当利益，造成他人损失的，应当取得的不当利益返还受损失的人。因过失而不知道的，视为善意。此种返还义务以现存利益为限。
没有合法根据，取得不当利益，造成他人损失的，应当将取得的不当利益返还受损失的人。
在法律上有一种事实行为叫做"不当得利"。工资多发的部分就是"不当得利"，当事人有返还财物的义务。也就是说工资多发不退不算违法。但属于不当得利，用人单位要求退还的，应当退还。
我国《工资支付暂行规定》规定：用人单位可委托银行代发工资。用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。用人单位在支付工资时应向劳动者提供一份其个人的工资清单。这就是说，用人单位应当保留向劳动者支付工资的资料至少要达到两年。而《最高人民关于民事诉讼证据的若干规定》规定：有证据证明一方当事人持有证据无正当理由拒不提供，如果对方当事人主张该证据的内容不利于证据持有人，可以推定该主张成立。所以，对是否支付工资的劳动争议应该由用人单位承担举证责任。
法律依据
《中华人民共和国民法典》
第一百二十二条
因他人没有法律根据，取得不当利益，受损失的人有权请求其返还不当利益。
第九百八十五条
得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益，但是有下列情形之一的除外：
（一）为履行道德义务进行的给付；
（二）债务到期之前的清偿；
（三）明知无给付义务而进行的债务清偿。
第九百八十六条
得利人不知道且不应当知道取得的利益没有法律根据，取得的利益已经不存在的，不承担返还该利益的义务。
第九百八十七条
得利人知道或者应当知道取得的利益没有法律根据的，受损失的人可以请求得利人返还其取得的利益并依法赔偿损失。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条【适用范围】中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
(一)因确认劳动关系发生的争议;
(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;
(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;
(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;
(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议;
(六)法律、法规规定的其他劳动争议。