法律分析：管理的部门挺多，就是管理的程度不同。根据不同的行业、企业类型如工商、社保、消防、安全生产、食药监（医疗药品相关）、银保监（金融保险）、工信部、司法局（律所）、环保、外管局、国资委、物价、教育部（培训机构）、统计局（每年统计数据管你）、林业、后勤（兵工类）........还有。
法律依据：《民办非企业单位登记管理暂行条例》 第二十条 业务主管单位履行下列监督管理职责：
（一）负责民办非企业单位成立、变更、注销登记前的审查；
（二）监督、指导民办非企业单位遵守、法律、法规和国家，按照章程开展活动；
（三）负责民办非企业单位年度检查的初审；
（四）协助登记管理机关和其他有关部门查处民办非企业单位的违法行为；
（五）会同有关机关指导民办非企业单位的清算事宜。业务主管单位履行前款规定的职责，不得向民办非企业单位收取费用。